企業增值稅、附加稅、個人所得稅稅、個人所得稅和企業所得稅是肯定的，畢竟，這些稅是最常見的，但行業還需要面對房地產稅、車輛稅、土地使用稅、印花稅、教育附加稅等。稅種多也是稅收問題的主要原因。
雖然物流行業涉及的稅目較多，但是其計稅方法并不復雜，除按銷售額全額計稅外，個別涉及差額計稅和可以選擇簡易計稅。增值稅的稅收優惠方面主要體現在跨境業務上。需要注意的是，納稅人可以放棄適用增值稅零稅率，選擇免稅或按規定繳納增值稅。放棄適用增值稅零稅率后，36個月內不得再申請適用增值稅零稅率。
營業稅、城建稅、教育費附加、房產稅(若存在自有房屋、倉庫需繳納)、車船使用稅(若存在自有車船需繳納)、企業所得稅、個人所得稅(代扣代繳職工薪酬的個稅)。
